Удобная возможность есть в eclips для php: если в комментариях написать TODO:, то текст за этим ключевым словом будет вынесен в отдельный список, а само слово выделено. Очень удобно ставить таски по доработке или изменению функционала прямо там где это необходимо. В принципе, если вы юзаете другую IDE, то так тоже можно делать просто искать по слову TODO:.
Пример: